第一，行政处罚主体，无非需要考虑行政处罚主体是否具有管辖权和处罚权。首先，由于行政机关机构改革和综合行政执法改革，县级生态环境部门已转变为市级生态环境部门的派出机构，即当前市级生态环境部门才具有对生态环境违法行为作出处罚的权限；其次，随着部分执法权下沉至镇街层面进行综合执法，我们还需要结合个案情况进行审查，才能判断作出行政处罚的主体是否适格；最后，在实务中，违法行为实施地、违法行为结果地可能不在同一地方，此时就需要考虑管辖权的问题，而处理管辖权的基本原则是《生态环境行政处罚办法》第十三条规定的生态环境行政处罚由违法行为发生地的具有行政处罚权的生态环境主管部门管辖，若两个以上生态环境主管部门都有管辖权的，则由最先立案的生态环境主管部门管辖，对管辖发生争议的，应当协商解决，协商不成的，由共同的上一级生态环境主管部门指定管辖。

第二，行政相对人，主要考虑因素包括但不限于单位违法与个人违法的区分、是否存在多个主体共同实施了违法行为、是否具备完全民事行为能力等。只有搞清前述问题的前提下，才能明确行政相对人是否系适格处罚对象。

除此之外，在办理生态环境行政案件过程中，还需关注行刑衔接的问题，若违法行为涉嫌犯罪则应当及时将案件移送公安机关。

第一，我们办理案件原则应当是以事实为依据，以法律为准绳。在全面厘清“四要素”（时间、地点、人物、事件）脉络后，才能综合研判案件走向。

第二，证据规则是行政处罚程序中重要一环，要善于排除“以非法手段取得的证据”，只有合法有效且与案件具有关联性的证据，才能作为认定案件事实的根据，《环境行政处罚证据指南》中证据审查的相关规定可作为参考。

第三，调查取证过程需要全面、客观、公正，符合《生态环境行政处罚办法》中“调查取证”部分的相关规定，比如调查取证过程需两名执法人员、先行登记保存是否合法等。

第四，适用法律是否准确，一般遵循以下原则：上位法优于下位法、特别法优于一般法、新法优于旧法、从旧兼从轻原则等。

第五，裁量基准运用适当性，是过罚相当原则的体现，应当依据各地区制定的行政处罚裁量规则和基准进行审核，重点考虑违法行为的环境污染后果、当事人主观过错、违法行为持续时间、改正态度与措施、违法次数等情节。

第一，关于案件办理时限的计算，是生态环境行政处罚案件程序审查中一个容易让人忽视的点。主要包括立案期限（7个工作日）和总体办案期限（90日）。这里还需注意：案件办理期限计算时应扣除听证、公告、监测、鉴定、送达等时间。

第二，关于当事人陈述、申辩、申请听证权利保障的问题，无论是通过普通程序还是简易程序的行政处罚，生态环境主管部门都需要在作出行政处罚决定之前，告知行政相对人拟作出的行政处罚内容及事实、理由、依据和行政相对人依法享有的陈述、申辩、要求听证等权利。生态环境主管部门未依法告知行政相对人，或者拒绝听取其陈述、申辩的，不得作出行政处罚决定。行政相对人进行陈述、申辩的，生态环境主管部门应当充分听取其意见，不得因其陈述、申辩而给予更重的处罚。

第三，在行政机关内部法制审核和集体讨论这方面，我们需要注意的是并非所有的生态环境行政处罚案件都要求进行领导集体讨论，只有对情节复杂或者重大违法行为进行处罚才应要求进行领导集体讨论，对于复杂重大的理解一般应尊重行政机关的专业判断。

（二）“一事不再罚”原则。“一事不再罚”原则解决的是行政实践中重复处罚的问题，笔者认为需要关注这几个问题。第一，“一事不再罚”仅局限于罚款，如果同时给予罚款和其他种类处罚，不违反该原则。第二，环境保护法律规范中存在部分既对公司又对相关负责人进行处罚的“双罚制”，这属对公司、相关负责人的法定处罚，不违反该原则。第三，违法行为性质严重已构成犯罪的，依法追究其刑事责任的同时，依法给予行政处罚的，不违反该原则。

（三）“轻微违法不处罚”问题。如何把握“轻微违法不处罚”，首先，要区分“应当不予处罚”和“可以不予处罚”的条件，即同时满足“违法行为轻微、及时改正、没有造成生态环境危害后果”三个条件，应当不予处罚；同时满足“初次违法、生态环境危害后果轻微、及时改正”三个条件，可以不予处罚。其次，要依据“过罚相当”等基本原则去理解适用条件的内涵，即“违法行为轻微”可以结合多个因素综合考量，比如是否造成环境污染、违法行为持续时间长短、违法所得多少等因素；“及时改正”在时间上至迟发生在行政机关作出责令改正后，而再往前的“在被发现违法行为之前主动改正”和“被发现违法行为之后，行政机关责令改正之前主动改正”亦属于“及时改正”范畴；“生态环境危害后果”不仅指已经造成环境污染、生态破坏的后果，还包括环境污染、生态破坏的危害后果发生已具有高度可能性和现实紧迫性。